货物运输是资源调配的核心环节，主要通过工程船与运输船协作完成。运输流程始于资源采集，工程船负责在矿区进行开采作业，而运输船则装载采集到的金属、晶体等资源并运回基地。需每个资源点仅允许一艘工程船同时作业，因此合理规划采集路线和运输船调度至关重要。运输船的仓储容量直接影响单次运输效率，建议优先升级相关模块。
运输船的操作需通过联络站系统实现。玩家需在星际地图中找到己方同盟占领的联络站，购买指定的运输船型号后，点击出站按钮即可将其编入舰队。常见的运输船包括迅捷级-武装运输船和载机运输船，前者配备基础自卫火力，后者可搭载战机提供护航功能。运输过程中，舰队需手动规划航线至目标港口或基地，系统不会自动规避敌方势力范围，因此需提前侦查路径安全性。
新版本中，舰队的曲率速度由编队内所有舰船速度平均值决定，因此混编高速侦察舰可大幅提升运输效率。例型工程舰单独行动时曲率速度为1950，若加入两艘高速侦察舰，速度可提升至5156。巡航速度则采用动态加速机制，初始速度由舰队最慢舰船决定，但最终均可达到1200上限。合理利用速度机制能缩短资源周转周期。
武装运输船虽具备FG-2283型双联装快速火炮等基础防御系统，但遭遇主力舰队时仍显薄弱。建议采用721号等多功能战舰伴航，该型号既能运输资源又可进行反击作战。对于高价值资源运输，可建立前哨站作为中转节点，既能缩短单次运输距离，又能提供临时仓储和维修支持。当运输船遭受攻击时，应立即启动备用舰队支援或启用紧急撤退协议。
金属、晶体等基础资源通过运输船送达基地后，需经矿石精炼设施加工才能投入使用。建议保持3-4艘运输船常备，形成持续的资源供应链。在星系开拓阶段，可派遣运输船队执行联络站委托任务，既能获取电子货币奖励，又能熟悉星系航道布局。需注意工程船与运输船占用独立的人口上限，过度侧重战斗舰艇建设会导致资源供给失衡。
舰船改装中应优先强化仓储系统和动力装置，防御性改装则侧重提升闪避而非装甲厚度。通过技术值分配可解锁货运无人机等特殊模块，实现自动化装卸功能。对于持续运营的矿区，建议配置AC721载机型等具备采矿辅助功能的战舰，其兼顾运输与护航的双重特性可显著降低运营成本。
