地下城与勇士的主线剧情围绕阿拉德大陆与魔界的纷争展开，核心脉络聚焦于使徒与冒险家的对抗。早期剧情从赛丽亚的求救开始，玩家作为冒险家被卷入格兰之森的大火事件，逐步揭露帝国阴谋与转移现象。这一阶段通过调查洛兰、天空之城等区域，引入巴卡尔的历史与天界封锁的真相，为后续使徒战争埋下伏笔。关键转折点在于玩家发现赫尔德主导的转移实验，其目的是借冒险家之手消灭其他使徒。
中期主线围绕天界革命与能源争夺展开，玩家协助皇女艾丽婕平定卡勒特叛乱，同时揭露安徒恩吞噬能源的真相。天界剧情首次将科技与魔法冲突具象化，并通过根特防御战、海上列车等任务展现多方势力博弈。安徒恩作为首个被讨伐的使徒，其死亡触发了魔界能量失衡，直接导致卢克被迫苏醒并启动黑色噩梦计划。这一阶段的叙事重点在于揭示使徒并非单纯反派，而是赫尔德复仇计划的牺牲品。
后期剧情深入魔界与次元裂缝，玩家在中央公园、哈林等区域直面赫尔德与卡恩的权谋。卢克的光与暗之矛盾、希洛克的复活、普雷与伊希斯的双生对抗，均围绕生命之水的谎言展开。关键冲突在于冒险家逐渐意识到赫尔德利用预言操纵命运，而魔界联盟的成立标志着对抗使徒的立场转变。狄瑞吉的瘟疫事件与奥兹玛的混沌降临，则进一步强化了剧情中牺牲与救赎的主题。
终局阶段以巴卡尔重回时间线、神界介入为高潮，冒险家通过时空之门修正历史偏差，最终直面卡罗索的创世神之战。剧情在此揭露了伟大意志的分裂与多重宇宙的设定，赫尔德计划的失败成为对命运反抗的隐喻。主线始终贯穿冒险家作为变量打破宿命的核心思想，而次元回廊等后续内容则延续了对世界观深度的挖掘。
主线任务的叙事结构采用多线并进，通过区域任务链逐步拼凑完整世界观。从格兰之森到神界，每个阶段的剧情均与使徒命运交织，且任务设计上常通过地下城机制强化剧情表现力，例如黑色大地中奥兹玛的堕落过程通过地图机制具象化。部分早期主线如暗黑圣战虽已随版本调整改动，但其关键事件仍通过NPC对话与任务文本保留了对世界观的影响。
