跨区操作并非直接支持的功能，但玩家可以通过特定方式实现不同区服进入同一星域。枢纽星系内的合服模块是核心机制，允许不同区服的玩家共同进入同一星域，但需注意携带的金币和装备会受到限制。
跨区操作的首要条件是确保目标星域存在合服模块，且双方玩家均未处于战斗或资源采集状态。进入枢纽星系后，需通过星门通道选择目标星域，系统会提示是否允许跨区。若成功匹配，双方将共享同一星域地图，但原区服的基地数据不会迁移，仅限当前星域内的协作或对抗。
由于不同区服的资源积累独立计算，建议提前规划舰队配置，避免因资源不足影响行动效率。工程船和战斗舰船的比例需合理调整，优先确保资源采集效率，同时保留足够的防御力量应对潜在威胁。
跨区协作时，同盟成员间的沟通至关重要。通过游戏内会话频道或外部社交工具协调行动目标，例如集中攻打高等级城市或防守关键据点。跨区玩家无法直接共享基地设施，但可通过前哨站临时驻扎，缩短舰队航行时间。
合服模块仅限当前星域生效，退出后玩家将返回原区服。若需长期协作，需反复执行跨区流程。跨区操作虽不改变区服归属，但为玩家提供了更灵活的战术选择，尤其在大型战役或资源争夺中具有战略意义。
