玩家可以根据阵容需求自由更换军师角色，这一机制为战术搭配提供了更多可能性。游戏内共有7位军师可供选择，包括水镜先生、荀彧、张宝、周瑜、黄月英、陆逊和李儒，每位军师拥有独特的技能属性和定位。例如水镜先生属于通用型，技能涵盖雷火风三系伤害与辅助；荀彧偏向回复型，擅长水系治疗与护盾加持；张宝则以召唤黄巾士兵为特色，具备火雷双系输出能力。更换操作可在备战界面通过拖拽完成，但需注意军师与武将阵营的契合度，例如蜀国阵容搭配水镜先生效果更佳。
军师更换的核心逻辑在于技能与阵容的协同性。周瑜的技能组专精于强化弓系部队，其火系伤害与风系辅助能显著提升吴国弓手阵容的爆发力；黄月英则擅长战场阻碍，通过风系召唤物干扰敌方阵型。玩家需根据当前挑战的副本特性调整军师选择，如对抗高输出敌人时可选用荀彧的持续治疗，面对召唤流阵容时则优先考虑黄月英的控场能力。军师品质和星级会影响技能强度，但平民玩家可通过碎片积累逐步提升水镜先生等易获取军师的战力。
每位军师可通过消耗兵种阵法精要强化对应士兵属性，如谋士兵种能降低30%所受计谋伤害。玩家在28级解锁士兵玩法后，需针对性升级军师关联兵种的特性，例如张宝召唤的黄巾士兵依赖盾兵生命值加成。军师装备与宝物搭配也需遵循属性互补原则，攻击型军师优先选择暴击率加成的法器，而辅助型军师则侧重冷却缩减属性。羁绊系统的存在要求玩家在更换军师时考虑其与主力武将的联动效果。
实战中军师更替需遵循战场动态需求。八极阵图等范围沉默技能适合应对敌方主将密集阵型，而拒马箭塔组合能有效克制骑兵突进。当主力武将为关羽等突进型角色时，配备具备幻象制造能力的军师可分散敌方火力；若阵容以赵云等坦克为核心，则选择拥有群体增益技能的军师更为合理。跨服对战等高端玩法中，军师更换频率较高，玩家需预先配置多套军师方案以应对不同流派对手。部分稀有军师的获取受限于特定活动，但基础军师通过合理培养仍可发挥战略价值。
少年三国志零的军师系统通过多样化的技能设计和灵活的更换机制，为策略搭配提供了充足空间。玩家应避免盲目追求高稀有度军师，而应聚焦于现有资源的深度开发。游戏后期随着多阵容养成需求的增加，培养3-4名不同定位的军师即可覆盖绝大多数战斗场景。战术手册中记录的军师技能冷却时间与作用范围等数据，可作为临战调整的重要参考依据。
